「바다에 살고 바다를 지키며, 바다로 간다. 그것이 블루 머 메이드!」.
지금부터 약 100년 전 플레이트의 균열로, 많은 국토를 수물로 잃은 일본.
국토 보전을 위해 차례차례 쌓아 올린 수상 도시는 언젠가부터 해상도시가 되어 그들을 잇는 항로가 증가해
바다의 안전을 지킬 많은 인원이 필요하게 되었다.
그에 따라 여성들의 해상진출이 늘어나고 바다의 안전을 지키는 직업 「블루 머메이드」가 여학생들의 동경 대상이 되었다.
그런 시대에 소꿉친구인 미사키 아케노와 치나 모에카는 「블루 머메이드가 될 거야」라는 같은 목표를 가진 동료들과 함께
요코스카의 해양 고교에 입학한다.